Bà mẹ mang thai dưới 3 tháng, em bé sơ sinh không nên dùng yến sào. Khi dùng cho các em bé, nên thử từ từ, vì có thể gây dị ứng cho bé. Tuy nhiên, không nên dùng thường xuyên cho trẻ em, nhất là trước bữa ăn. Việc dùng yến sào trước bữa ăn sẽ làm tăng đường huyết trong máu, làm giảm cảm giác thèm ăn ở trẻ, làm tăng biểu hiện biếng ăn và có thể làm giảm khẩu phần ăn trong bữa ăn sau đó, dẫn đến thiếu hụt chất dinh dưỡng cần thiết cho trẻ. Yến sào cũng không phù hợp với những người có rối loạn đường huyết, như bệnh nhân tiểu đường hay viêm tụy.

Nên chế biến yến sào ở nhiệt độ vừa phải, không để sôi trên 100 độ C. Thông thường, phương pháp chế biến yến sào chủ yếu là hấp, không nấu trực tiếp. Không nên cho đường quá nhiều cho dù là đường phèn, vào món ăn chế biến từ yến sào vì hàm lượng đường càng nhiều sẽ càng làm giảm tác dụng hỗ trợ tích cực của yến sào.

Ngoài ra, theo đông y người có thể trạng đàm thấp, béo mập, da mét, tay chân lạnh, cao huyết áp, thống phong, thường bị đầy bụng, tiêu chảy, lạnh bụng… không nên dùng yến sào.